Folding@Home, ou comment participer à son échelle à la recherche médicale
Créé en 2000 à l'université de Standford, Folding@Home est un projet de recherche médicale qui a pour but de récupérer la puissance de calcul inutilisée des ordinateurs à travers le monde, pour tenter de mieux comprendre leur fonctionnement et aider à développer de potentiels médicaments, notamment contre les maladies de Parkinson ou d'Alzheimer, la drépanocytose, le virus Zika, Ebola, voire même certains types de cancers.
Comment cela fonctionne ?
Chaque personne souhaitant participer à ce projet de recherche peut installer sur son ordinateur un logiciel client, qui va effectuer des calculs à l'aide du CPU (processeur) ou du GPU (carte graphique) quand il n'est pas utilisé. Cela ne donne donc lieu à aucun ralentissement de la machine.
Chaque calcul, appelé unité de travail ou WU (Work Unit), dure de 4 à 200 heures environ, selon la puissance de l'ordinateur et le client basculera de manière automatique à une prochaine unité de travail dès qu'il a fini de calculer la précédente.
Une unité de travail est définie par un ensemble de paramètres pour la simulation de repliement de protéines. Les méthodes de simulation moléculaire Tinker, Amber, CPMD, Sharpen, ProtoMol ou Desmond sont plutôt anciennes et devenues obsolètes. Depuis quelques années, les calculs sont effectués par la technique Gromacs, qui permet de modéliser l'évolution d'un système de particules au cours du temps.
Il s'agit de l'un des systèmes de calcul distribué les plus puissants du monde, qui a dépassé le 25 mars 2020 le seuil de l'exaFLOPS, et a atteint une puissance de calcul 10 fois supérieure à celle du plus puissant des superordinateurs au monde (IBM Summit).
Pourquoi je vous en parle ?
Depuis le début de la pandémie mondiale de SARS-Cov-2, autrement appelé la COVID 19, les chercheurs du projet ont concentré les efforts de calcul sur la compréhension et la modélisation du fonctionnement des protéines attachées au virus et leur repliement. C'est notamment grâce à elles que le coronavirus SARS-Cov-2 pénètre et se reproduit dans nos cellules avant d'attaquer notre système immunitaire. Cela devrait permettre l'identification de cibles pour un anticorps thérapeutique.
Je vous invite donc à installer le client Folding@Home sur votre ordinateur, qui tournera en arrière-plan sans en impacter les performances, pendant les périodes où vos CPU et GPU sont moins sollicités.
Choisissez quelle recherche vous souhaitez soutenir, quelle puissance vous allouez au client et si le calcul peut s'effectuer en tâche de fond ou seulement quand votre ordinateur n'est pas utilisé.
Pour ceux qui n'ont pas d'ordinateur, vous pouvez également faire un don à Folding@Home pour les aider dans la recherche.
Merci d'avance à tous ceux qui participeront à ce beau projet.